Nel 1998 esisteva un livello di sicurezza all'interno del governo USA chiamato Livello 4 M.A.X. un Agente speciale che veniva impiegato nelle missioni super segrete. La figlia del Dott. Smith era stata rapita da uno dei terroristi più pericolosi del mondo che voleva il virus letale scoperto dal Dott. Smith, ovviamente il governo USA non poteva rivelare che conduceva esperimenti su virus e che uno di questi era sfuggito al controllo, di conseguenza, si procede con il livello 4 M.A.X. per recuperare la figlia del Dottore e mettere tutto a tacere. Dopo la riuscita della missione ed essendo il Livello 4 M.A.X. a conoscenza di molteplici situazioni piuttosto imbarazzanti viene deciso di mandare in "Pensione" l'agente, che capito la situazione si dilegua. Nel frattempo vengono creati nuovi livelli di sicurezza per situazioni simili, l'ultimo il "Ghost Level" Qui comincia la nuova storia....